BRB-seq: Die schnelle und billigere Zukunft der RNA-Sequenzierung

RNA-Sequenzierung ist eine Technik verwendet, um die Analyse ganzer Genome, indem man die expression Ihrer Gene. Heute, solche Genom-weiten expressions-Analysen sind ein standard-tool für genomische Studien, weil Sie verlassen sich auf high-throughput-Technologien, die selbst geworden sind, weit verbreitet.

Dennoch, RNA-Sequenzierung ist immer noch teuer und zeitaufwändig, denn es benötigt zunächst die kostenintensive Erstellung eines gesamten genomischen Bibliothek — die DNA-pool generiert, aus der RNA von Zellen,–, während die Daten selbst sind auch schwer zu analysieren. All dies macht die RNA-Sequenzierung nur schwer zu führen, rendering seiner Annahme nicht so weit verbreitet wie es sein könnte.

Einige neue Ansätze kommen in zu helfen, angetrieben durch die revolution in der single-cell-transcriptomics, die verwendet, was ist bekannt als „Probe-barcoding“ oder „multiplexing.“ Dabei werden individuelle „barcode“ – Sequenzen werden Hinzugefügt, um jede DNA-fragment-Bibliothek während der Vorbereitung, damit jeder identifiziert werden kann, und sortiert, bevor die Analyse der letzten Daten-was bedeutet, dass dieser Ansatz erfordert nur eine einzige Bibliothek, die enthält mehrere verschiedene Proben oder Zellen.

Barcoding reduziert Kosten und Zeit, und dies könnte zu erweitern, um bulk-RNA-Sequenzierung großer Mengen von Proben. Aber es gibt noch Probleme mit der Anpassung und Validierung von Protokollen für zuverlässige und günstige Profilierung von bulk-RNA-Proben-das ist das, was wir konfrontiert sind, wenn Sie versuchen zu analysieren, das Transkriptom von Zellen oder Geweben.

Nun, Wissenschaftler aus dem Labor von Bart Deplancke an der EPFL Institut für Bioingenieurwissenschaften haben ein neues Konzept entwickelt, sogenannte Bulk-RNA-Barcoding und Sequenzierung (BRB-seq), die 25-mal weniger teuer als eine herkömmliche kommerzielle RNA-Sequenzierung Technologie (Illumina ‚ s TruSeq).

Unter seinen vielen Vorteile, BRB-FF ist schnell und bewahrt Strang-Spezifität-eine Herausforderung im Außendienst, die mit der Transkription der DNA in die richtige Richtung. Als solche, BRB-FF bietet eine low-cost-Ansatz für die Durchführung transcriptomics auf Hunderte von RNA-Proben, die Erhöhung der Anzahl der biologischen Replikate (und daher experimentellen Genauigkeit) in einem einzigen Lauf.

In Bezug auf die Leistung, die die Wissenschaftler fanden, dass die BRB-seq erkennen kann die gleiche Anzahl von Genen als „gold-standard“ in das Feld, nämlich TruSeq Stranded mRNA, in der gleichen Reihenfolge und Tiefe, die die Technik liefert zuverlässige Daten auch bei niedriger Qualität der RNA-Proben. Darüber hinaus erzeugt der Genom-weiten transkriptomischen Daten zu Kosten, die vergleichbar ist mit profiling vier Genen mittels RT-qPCR, die derzeit ein standard, aber low-throughput-Methode für die Messung der gen-expression.

In einem test, BRB-seq erzeugen konnten ready-to-Sequenz genomische Bibliotheken für bis zu 192 Proben pro Tag, da nur zwei Stunden von hands-on-Zeit. Die Technik ist kombiniert mit einer benutzerfreundlichen pipeline für pre-processing und Analyse von Sequenzdaten, so dass das Ergebnis Erwerb an einem einzigen Tag.

„Seit seiner Veröffentlichung Dutzenden von Laboren und Unternehmen haben bereits mit uns Kontakt aufgenommen, um Ihnen zu helfen Umsetzung der BRB-seq-Ansatz“, sagt Bart Deplancke. „Weil der BRB-seq die niedrigen Kosten, diese Forscher erkannten, dass Sie könnten jetzt analysieren, viele weitere Proben mit dem gleichen budget, damit erheblich Steigerung der Umfang und die Reproduzierbarkeit Ihrer Experimente. Wir gehen deshalb davon aus, dass die BRB-FF oder ein vergleichbarer Ansatz wird langfristig zum standard in jedem molekularbiologischen Labor und ersetzen RT-qPCR als die erste gen-expression profiling-option.“