Studien zu erweitern und zu aktualisieren eine Enzyklopädie von Krebs-Zell-Linien

13/05/2019

Große Bibliotheken von Krebs-Zell-Linien—Sammlungen von Zellen, die Sie vertreten tumor-Arten gesehen, die in der Krebs-Patienten—ergeben können Tiefe Einblicke in Tumoren einzigartige genetische Ausstattung und Ihre Befindlichkeiten, um aktuelle und potenzielle Anwendungen. Die Daten, die von diesen Bibliotheken ist von unschätzbarem Wert für die Entwicklung neuer therapeutischer Optionen für Patienten.

Dies ist der Fall mit die Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE), eine Sammlung von mehr als 900 Zelllinien montiert ab 2008 wird durch die Breiten der Krebs-Programms in Zusammenarbeit mit den Novartis Institutes for BioMedical Research.

Im Jahr 2012, die CCLE Mitarbeiter nahm einen tiefen Tauchgang in die genomische features and drug Empfindlichkeiten dieser Zellen, Katalogisierung Genexpression, chromosomale Kopie-Nummer und gezielte gen-Sequenzierungs-Daten von allen Linien 947 und eine Reihe von Medikamenten-response profile. Diese information hat sich wie Krebs Wissenschaftler charakterisieren Droge-Ziele und Messen der Drogen-Aktivität. Zum Beispiel, die CCLE Sammlung war maßgeblich an der Lokalisierung der gene PRMT5 als ein viel versprechendes Ziel in bestimmten Gehirn -, Lungen -, Bauchspeicheldrüsen -, Eierstock -, und Blutkrebs; und WRN in den Krebszellen fehlt ein Schlüssel DNA-korrekturlese-Mechanismus.

Eine multi-center-Forschung-team ist mittlerweile stark augmented diese Krebs-Forschungs-Ressourcen durch die Einbindung von neuen Zell-Linien und hinzufügen von neuen Daten über den molekularen Spektrum von der Sequenz zur expression von protein. Schreiben in der Natur, das team—angeführt von core-Instituts-Mitglied William Sellers, Institut Mitglied beurlaubt Levi Garraway, und Breiten alumni-Mahmoud Gandhi und Franklin Huang—Bericht eine wesentliche Erweiterung des CCLE dataset, die enthält jetzt:

RNA-Sequenzierungs-Daten für 1,019-Zelllinien
microRNA expression profile für die Linien 954
protein-array-Daten (899 Linien)
Genom-weite Histon-Modifikationen (897)
DNA-Methylierung (843)
whole genome sequencing (329), und
whole exome sequencing (326)

Das neue dataset, die ist frei verfügbar unter https://depmap.org/portal/ccle/, auch das fügt sich in CRISPR-und RNA-Interferenz-gen Abhängigkeit von Daten von den Grundzügen der Krebs Abhängigkeit Karte (DepMap) team-und Droge-Empfindlichkeit Daten vom Wellcome Trust Sanger Institute Genomics of Drug Sensitivity in der Krebs-Projekt.

„Wir vermuten, dass es gibt Möglichkeiten, den Blick über die paarweisen Korrelationen wie expression und protein-Ebene zu identifizieren Staaten von Krebs, die erst sich offenbaren, wenn Sie sehen, alle Daten, die in aggregierter,“ Verkäufer erklärt. „Wir hoffen, dass mit all den verfügbaren Daten, die Gemeinschaft wird helfen, ziehen diejenigen, die makro-Ebene der Bilder, wodurch verbesserte Droge-Entdeckung-Bemühungen weitgehend in der Industrie und der Wissenschaft.“

In einem Begleiter Papier in Nature Medicine, ein weiteres team unter der Leitung von Verkäufern, Chemische Biologie und Therapeutika Science graduate student Haoxin Li, institute, Wissenschaftler und Metabolomics-Plattform, senior director Clary Clish eröffnet auch eine neue Sicht in die Krebs-Biologie durch die Erforschung der Häufigkeiten von 225 Metaboliten von 928 der CCLE Linien—die erste derartige systematische metabolom-Umfrage, die von einer Zelllinie, die Sammlung in dieser Größe und Vielfalt.

„Diese Daten, zusammen mit der statistischen Modelle, die uns erlauben, zu sehen, andernfalls-versteckte verbindungen zwischen genetischen und epigenetischen Fehler in Krebszellen und Veränderungen in diesen Zellen „metabolischen Profilen“, sagte Li. „Die Daten zeigen metabolischen Abhängigkeiten, zum Beispiel, zeigen Sie auf Möglichkeiten zur Ausweitung des mit der anti-Krebs-Medikament asparaginase und zu nutzen Konzentrationen eines Metaboliten genannt kynurenine als prognostischer biomarker für eine bestimmte Art der Immuntherapie.“

Das CCLE Sammlung bildet die Grundlage für zwei große Krebs-Entdeckung-Bemühungen. Die eine ist die DepMap Projekt, ein Versuch, der unternommen wird, am Breiten Institut und an den Sanger Institute systematisch zu identifizieren, genetische Abhängigkeiten (Schwachstellen, dienen als Ziele für die Entwicklung neuer Therapien oder Umwidmung bestehender) über Hunderte von Krebs-Zelllinien mittels RNA-Interferenz, CRISPR, und Drogen-Bildschirme.

Die zweite ist PRISM, ein system, das genetisch mit Strichcode versehene Versionen des CCLE Zelllinien zu identifizieren Biomarker, die verwendet werden könnte, um vorauszusagen, Tumoren Reaktionen auf verschiedene Drogen-verbindungen.